Nama Jontona merupakan gabungan dari ke tiga kata ini 'Jong Toda Nara' yg memiliki makna tersendiri tentang kisah perjalanan nenek moyang kita yang datang dari timur jauh atau lebih akrab oleh orang2 tua kita dengan sebutan Seram Goran Abo Mua. Nama Jontona mulai di pakai sebagai nama desa pertama kali pada tahun 1957 pada kepemimpinan Kepala Desa Bapak Paulus Ege Halimaking (Sumber Bp Mikhael Kemale Making)...Yang kita sendiri kurang tau jelas adalah hari jadi desa Jontona tidak pernah ada cerita hingga saat ini. Dimana terbukti setiap tahun kita tidak pernah mengenang ataupun membuat seremoni tentang hari jadi Desa Jontona...
